产品货号:
WE0172
中文名称:
固定组织基因组DNA提取试剂盒
英文名称:
NewPurify FFPE DNA Extraction kit
产品规格:
50T
发货周期:
1~3天
产品价格:
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本试剂盒适用于从福尔马林固定、石蜡包埋组织中有效纯化基因组DNA。本制品使用专门优化脱蜡剂和裂解液,释放福尔马林固定或组织切片样本中的DNA,不涉及有机试剂二甲苯,无需过夜操作;消化后的样品在较高的温度孵育后,去除游离DNA的福尔马林交联,有效提高DNA的产量和纯度;优化的缓冲系统使裂解液中的DNA可特异结合到吸附膜上,抑制剂通过两步漂洗步骤有效去除,最后使用低盐缓冲液或水洗脱,即可获得高纯度DNA。同时配置高效微量吸附柱,洗脱体积可低至20μL。经过纯化的DNA可以直接用于PCR、Real-time PCR、SNP基因分型、STR基因分型、二代测序和药物基因组学研究等。
从福尔马林固定、石蜡包埋样本中分离的DNA分子量通常低于新鲜或冷冻样本中的DNA。DNA片段化的程度取决于样本类型、储存时间以及固定的条件。
组分 | 规格 |
Buffer DS | 30mL |
Buffer GTL | 15mL |
Buffer GL | 15mL |
Buffer GW1(浓缩) | 13mL |
Buffer GW2(浓缩) | 15mL |
Buffer TE | 10mL |
Proteinase K | 2×25mg |
Proteinase K Storage Buffer | 2×1.25mL |
RNase A (100mg/mL) | 0.4mL |
吸附柱DF及收集管 | 50套 |
离心管(L-1.5mL) | 50个 |
保存:室温,有效期1年。其中吸附柱DF室温可保存2个月,2~8℃可保存1年。
- 获得样品后,要尽快将样品在4%~10%的福尔马林中固定,固定时间以14~24小时为宜,时间过长易导致基因组断裂,影响下游实验。如果甲醛固定时间过长或样本存放时间过久(>1年)则易导致DNA完整性受损,无法扩出长片段。
- 确保包埋前的样品彻底脱水,残留的福尔马林会抑制Proteinase K的作用。
- 向Proteinase K中加入1.25mL Proteinase K Storage Buffer使其溶解,-20℃保存。配制好的Proteinase K勿长时间室温放置,以免影响其活性。
- 第一次使用前应按试剂瓶标签说明先在Buffer GW1和Buffer GW2中加入无水乙醇。
- 使用前请检查Buffer GTL、Buffer GL和Buffer DS是否出现结晶或者沉淀,如有结晶或者沉淀,请将Buffer GTL、Buffer GL和Buffer DS于56℃水浴重新溶解。
- 实验开始前将水浴锅或恒温混匀仪预热至56℃,离心机保持25℃。
- 如果下游实验需要降低低频发生的C>T|G>A转换(人为突变),将假阳性风险降至最低,可以在90℃孵育1小时后加入7μL UNG(1U/μL),UNG本试剂盒并未提供,如果需要可单独向本公司订购UNG酶(货号:WE0115)。
- 样本处理:
- 石蜡包埋样本:用手术刀将组织块中多余的石蜡修剪掉,露出组织后切成5~10μm的薄片。取约1×1cm2的切片(共约4~5片切片)置于离心管(自备)中,加入160μL Buffer DS,涡旋震荡10秒,再加入180μL Buffer GTL和20μL Proteinase K,涡旋震荡10秒。12000rpm,25℃离心1分钟。
注意:- 如果样品表面已经暴露在空气中,请将接触空气的2~3片弃掉不用。
- DS低于18℃会凝固,如果凝固不影响下面的实验。
- 如果样品表面已经暴露在空气中,请将接触空气的2~3片弃掉不用。
- 福尔马林等固定液中的样本:取约20mg的样本,切成小块,置于离心管中,加入500μL 10mM PBS(pH7.4),涡旋振荡,12000rpm离心1分钟,弃上清,重复3次。加入180μL Buffer GTL,20μL Proteinase K,涡旋震荡混匀。
- 石蜡包埋样本:用手术刀将组织块中多余的石蜡修剪掉,露出组织后切成5~10μm的薄片。取约1×1cm2的切片(共约4~5片切片)置于离心管(自备)中,加入160μL Buffer DS,涡旋震荡10秒,再加入180μL Buffer GTL和20μL Proteinase K,涡旋震荡10秒。12000rpm,25℃离心1分钟。
- 56℃孵育1小时,直至样品完全溶解。90℃孵育1小时。12000rpm,25℃离心1分钟,用移液器沿管壁小心吸取下层水相(约180μL)于新离心管中,尽量避免吸入管底沉淀和上层蜡液。
注意:- 56℃孵育后的样品可置于室温,直至水浴锅或干浴锅温度达到90℃后再把样品置于90℃孵育。
- 可选步骤:加入7μL UNG(1U/μL),50℃,5min,不震荡。此步骤的目的是降低低频发生的C>T|G>A转换(人为突变),同时有效保留真实发生的突变,从而使假阳性风险降至最低。UNG本试剂盒并未提供,如果需要可单独向本公司订购UNG酶(货号:WE0115)。
- 56℃孵育后的样品可置于室温,直至水浴锅或干浴锅温度达到90℃后再把样品置于90℃孵育。
- 可选步骤:如需除去RNA,可将样品温度降到室温后,加入2μL浓度为100mg/mL的RNase A溶液,震荡混匀,室温放置2分钟。
- 加入20μL Proteinase K,65℃,450rpm孵育15min。
- 加入200μL Buffer GL,涡旋震荡混匀后加入200μL无水乙醇,涡旋震荡彻底混匀。短暂离心,使管壁上的溶液收集到管底。
注意:- 加入Buffer GL和无水乙醇后要立即充分混匀。
- 加入Buffer GL和无水乙醇后可能会产生白色沉淀,不会影响后续实验。
- 如果需要对多个样品进行操作,可以将Buffer GL和无水乙醇事先混匀后加样。
- 加入Buffer GL和无水乙醇后要立即充分混匀。
- 将步骤5所得溶液全部加入已装入收集管的吸附柱DF中,25℃,12000rpm离心2分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
- 向吸附柱中加入500μL Buffer GW1(使用前检查是否已加入无水乙醇),12000rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
- 向吸附柱中加入500μL Buffer GW2(使用前检查是否已加入无水乙醇),12000rpm离心1分钟,倒掉收集管中的废液,将吸附柱重新放回收集管中。
注意:如需进一步提高DNA纯度,可重复步骤8。 - 12000rpm离心2分钟,倒掉收集管中废液。将吸附柱置于室温数分钟以彻底晾干。
注意:这一步目的是将吸附柱中残余乙醇去除,乙醇残留会影响后续酶促反应。
10将吸附柱置于一个新的1.5mL收集管中,向吸附柱的中间部位悬空加入20~100μL Buffer TE或灭菌水,室温放置2~5分钟,12000rpm离心1分钟,收集DNA溶液,-20℃保存DNA。
注意:- 洗脱液的pH值对洗脱效率有很大影响,若用水做洗脱液应保证其pH值在7.0~8.5,pH值低于7.0时洗脱效率不高。
- 如果要提高DNA的终浓度,可以将步骤10所得的DNA洗脱液重新加至吸附膜上,室温放置2分钟,12000rpm离心1分钟。
- 洗脱液的pH值对洗脱效率有很大影响,若用水做洗脱液应保证其pH值在7.0~8.5,pH值低于7.0时洗脱效率不高。
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